Der Messvorgang der Pentacam® dauert nur 1 bis max. 2 Sekunden. Doch auch bei einer so kurzen Messung kann es zu kleinen Augenbewegung kommen. Neben der Scheimpflugkamera ist das Gerät mit einer zweiten Kamera, der sogenannten Pupillenkamera, ausgestattet. Diese dient dazu, etwaige Augenbewegungen während des Messvorgangs zu detektieren. Diese werden von der Software erkannt und bei der Berechnung des 3D-Models des Augenvorderabschnitts berücksichtigt und kompensiert.